- Laboratório de Arqueologia dos Trópicos – ARQUEOTROP (coordenação Prof. Dr. Eduardo Neves)
- Laboratório Interfaces entre Museologias – Comunicação, Mediação, Públicos e Recepção – INTERMUSEOLOGIAS (coordenação Profa. Dra. Marília Xavier Cury)
- Laboratório de Arqueogenética e Antropologia Ambiental e Evolutiva – LAAAE (coordenação Prof. Dr. André Strauss) https://sites.usp.br/laaae/
- Laboratório de Estudos sobre a Cidade Antiga – LABECA (coordenação Profa. Dra. Maria Cristina Nicolau Kormikiari) http://labeca.mae.usp.br
- Laboratório de Microarqueologia – LABMICRO (coordenação Profa. Dra Ximena S. Villagran) https://sites.usp.br/labmicro/
- Laboratório de Estudos em Zooarqueologia e Bioarqueologia – LEZB (coordenação Profs. Drs. Verônica Wesolowski e Levy Figuti)
- Laboratório de Pesquisas em Comunicação Museológica – LAPECOMUS (coordenação Profa. Dra. Maria Cristina Oliveira Bruno)
- Laboratório de Pesquisas sobre Museus na América Latina – LAPEMAL (coordenação Prof. Dr. Camilo Melo Vasconselos) http://sites.usp.br/lapemal
- Laboratório de Arqueologia da Paisagem e Geoarqueologia – LAPGEO (coordenação Profa. Dra. Marisa Coutinho Afonso)
- Laboratório de Arqueologia Romana Provincial LARP (coordenação Profs. Drs. Maria Isabel D’Agostino Fleming e Vagner Carvalheiro Porto) http://www.larp.mae.usp.br
- Laboratório Interdisciplinar de Pesquisas em Evolução, Cultura e Meio Ambiente – LEVOC (coordenação Prof. Dr. Astolfo Araujo) https://levoc.blogspot.com
- Laboratório de Estudos Interdisciplinares sobre Tecnologia e Território – LINTT (coordenação Profa. Dra. Fabiola Andrea Silva) https://linttusp.wixsite.com/linttusp/