O MAE-USP oferece os seguintes cursos de pós-graduação:
- Mestrado e Doutorado em Arqueologia do Programa de Pós-graduação em Arqueologia. Mais informações no site do PPGArq em: https://sites.usp.br/ppgarqmae/
- Mestrado em Museologia, através do Programa Interunidades de Pós-Graduação em Museologia. Mais informações no site do PPGMus em: https://sites.usp.br/ppgmus/